Mots-clé
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Bioinformatique, Banque de données Promoteurs, Transcription, EPD
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Description succincte
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EPD est une base de données, non redondante, de promoteurs des eucaryotes, pour lequels le site d'initiation de la transcription a été détérminé expérimentalement. EPD est structuré de façon à permettre l'extraction et la comparaison des séquences promotrices.
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Objectifs du projet
(Français)
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EPD doit rester la base de données de référence dans le domaine de l'information sur les promoteurs et pour ce faire:
Maintenir, dans la mesure du possible, la base de données à jour afin de refléter l'état actuel des connaissances sur les promoteurs;
Savoir répondre de façon rapide et flexible à la disponibilité de nouvelles données;
S'adapter pour refléter la mise à dis-position de nouvelles données ou des changements d'orientation de la communauté scientifique.
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Résumé des résultats (Abstract)
(Français)
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A ce jour, EPD reste l'unique base de données annotée de promoteurs. En plus de la qualité des informations qu'elle contient, EPD présente des liens multiples avec d'autres banques de données contenant des informations connexes.
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Mise en oeuvre et application
(Français)
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Le travail d'annotation de EPD doit être accompli par des biologistes expérimentés, se fondant sur la littérature scientifique.
Récemment, le groupe EPD a instauré des collaborations avec certains centres de séquençage (Drosophila genome, NEDO human full-length cDNA sequensing project) afin de disposer et d'intégrer des données sur les promoteurs.
Enfin, un dernier développement important est celui de la base de données, EPDEX, donnant accès aux profils publics d'expression des gènes correspondant aux promoteurs de EPD.
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