Covid-19: SARS-CoV-2 genomic surveillance

• Research unit: SFOPH
• Project number: 142006594

Key words (German)

genomische Überwachung, Sequenzierung, SARS-CoV-2, Covid-19

Key words (English)

genomic surveillance, sequencing, SARS-CoV-2, Covid-19

Key words (French)

surveillance génomique, séquençage, SARS-CoV-2, Covid-19

Key words (Italian)

sorveglianza genomica, sequenziamento, SARS-CoV-2, Covid-19

Short description (German)

Das Ziel dieses Vertrages ist die Sicherstellung einer nationalen genomischen Überwachung des SARS-CoV-2-Virus. Dieses kann sich durch Mutationen fortlaufend verändern, wodurch mehrere Varianten im Umlauf sein können.
Das Augenmerk der genomischen Überwachung wird auf Virusvarianten gelegt, welche schwere Krankheitsverläufe verursachen und zu einer Hospitalisierung führen, sowie Virusvarianten, die Auswirkungen auf die klinische Versorgung oder die Wirksamkeit der Impfung haben könnten, sowie Proben aus dem Sentinella Meldesystem. Ergänzend dazu (ausserhalb dieses Vertrages) wird die Sequenzierung von Abwasserproben (Abwassermonitoring) zur Überwachung von zirkulierenden Virusvarianten in der Bevölkerung durchgeführt.
Die Subvention aus diesem Vertrag ermöglicht die Fortführung des nationalen genomischen Überwachungsprogramms für das SARS-CoV-2-Virus. Das Überwachungsprogramm umfasst ein Netzwerk von Laboratorien unter der Koordination des CRIVE. Die Subvention deckt die Koordination des Überwachungsprogramms, die Sequenzierung des viralen Genoms, sowie die Analyse und Veröffentlichung der gewonnenen Daten ab.

Short description (French)

L'objectif de ce contrat est d'assurer une surveillance génomique nationale du virus SARS-CoV-2. Celui-ci peut se modifier en permanence par des mutations, ce qui fait que plusieurs variants peuvent être en circulation.
La surveillance génomique se concentre sur les variantes du virus qui provoquent une évolution grave de la maladie et entraînent une hospitalisation, sur les variants du virus qui pourraient avoir un impact sur les soins cliniques ou l'efficacité de la vaccination, ainsi que sur les échantillons du système de notification Sentinella. En complément (en dehors de ce contrat), le séquençage d'échantillons d'eaux usées (monitoring des eaux usées) est effectué pour surveiller les variants de virus en circulation dans la population.
La subvention accordée dans le cadre de ce contrat permet de poursuivre le programme national de surveillance génomique du virus SARS-CoV-2. Le programme de surveillance comprend un réseau de laboratoires sous la coordination du CRIVE. La subvention couvre la coordination du programme de surveillance, le séquençage du génome viral, ainsi que l'analyse et la publication des données obtenues.