Expanding the Swiss Pathogen Surveillance Platform to investigate food-borne pathogens within a One Health approach

• Forschungsstelle: BLV
• Projektnummer: 6.24.01

Schlüsselwörter (Englisch)

Foodborne pathogens; genomic surveillance; source tracking; resistance; virulence; One Health; data platform.

Schlüsselwörter (Französisch)

Agents pathogènes d’origine alimentaire; surveillance génomique; traçage des sources; résistance; virulence;
Une seule santé; plateforme de données.

Kurzbeschreibung (Englisch)

The pandemic demonstrated the value of molecular epidemiology and genomic data sharing to monitor
pathogens evolution and transmissions. Sequence-based surveillance and data exchanges are also essential to
improve food safety at the transnational level. To efficiently access and process the available data on food-borne
pathogens in Switzerland, we will extend the Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP, www.spsp.ch) to
Listeria monocytogenes, Campylobacter, Salmonella and STEC, to ultimately support surveillance, source
tracking and monitoring of antimicrobial resistance and virulence (AMRV). SPSP will (i) standardize data
exchanges, (ii) increase data quality through data validation, data curation and quality assurance, (iii) run
comparable bioinformatic analyses designed specifically for the selected food-borne pathogens, (iv) provide an
interface for data exploration and visualization and (v) generate structured reports for BLV and EFSA, ensuring
that Switzerland contributes data internationally while complying with agreed data- and analytical-standards.

Kurzbeschreibung (Französisch)

La pandémie a démontré l’utilité de l’épidémiologie moléculaire et du partage de données génomiques pour
la surveillance des pathogènes et de leurs transmissions. Ceci est également essentiel pour améliorer la sécurité
alimentaire au niveau transnational. Afin d’accéder et traiter efficacement les données issues des pathogènes
d’origine alimentaire en Suisse, nous allons étendre la Plateforme Suisse de Surveillance des Pathogènes
(SPSP, www.spsp.ch) à Listeria monocytogenes, Campylobacter, Salmonella et STEC, pour soutenir la
surveillance, le traçage des sources et contrôler la résistance aux antimicrobiens et la virulence. SPSP va (i)
standardiser les échanges de données, (ii) accroître la qualité grâce à la validation et la curation des données; (iii)
lancer des analyses bioinformatiques comparables spécifiques aux pathogènes; (iv) mettre à disposition une
interface pour explorer et visualiser les données et (v) générer des rapports pour l’OSAV et l’EFSA, afin que la
Suisse contribue aux données internationales en accord avec les standards établis.