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Research unit
FOAG
Project number
22.25
Project title
ToViPoRe: massive detection of tomato brown rugose fruit virus by high-throughput sequencing

Texts for this project

 GermanFrenchItalianEnglish
Key words
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Short description
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Inserted texts


CategoryText
Key words
(German)
Jordan-Virus, Tomate, Paprika, molekulares Nachweisverfahren, Next Generation Sequencing
Key words
(English)
Jordan-virus, tomato, capsicum, molecular detection method, next generation sequencing
Key words
(French)
Jordan-virus, tomate, poivron, méthode de détection moléculaire, next generation sequencing
Key words
(Italian)
Jordan-virus, pomodoro, capsico, metodo di rilevamento molecolare, next generation sequencing
Short description
(German)

Laut den Gesuchstellern bildet das Tomato Brown Rugose Fruit Virus (ToBRFV) ist eine ernsthafte Bedrohung für den Schweizer Tomaten- und Paprikaanbau. Das RNA-Virus ist wegen seines grossen Schadpotenzials seit Januar 2020 als «potentieller Quarantäneorganismus» geregelt und unterliegt der Melde- und Bekämpfungspflicht. Im 2021 kam es in der Schweiz zum ersten Schadensfall. Im 2022 wurden mehrere Verdachtsproben bei importierten Setzlingen positiv getestet. Aufgrund des grossen Risikos fordern die Tomatenproduzenten die Möglichkeit eines Massentests. Nur der rasche und eindeutige Nachweis des Virus kann die Verbreitung über befallene Setzlinge verhindern.

Das ToViPoRe-Projekt zielt auf zwei Nachweisstrategien ab: 1) die Entwicklung eines spezifischen LAMP Assays für den raschen und kostengünstigen Nachweis von ToBRFV und 2) die Entwicklung einer isothermalen Amplifikationsmethode gekoppelt an die Hochdurchsatz-Sequenziertechnologie mittels Nanoporen. Letztere ermöglicht nicht nur den eindeutigen Nachweis von ToBRFV oder naher verwandten Tobamoviren, sondern auch das parallele Analysieren einer grossen Anzahl Proben. Ein zuverlässiges Diagnosetool für ToBRFV ist unerlässlich. Dafür arbeiten die Antragssteller mit verschiedenen Akteuren aus der Forschung, Branche (VSGP) und dem Vollzug eng zusammen.

Das vorliegende Projekt visiert technologisches Neuland in der Pflanzenkrankheits- und Schädlingsdiagnostik an. Ist das Proof-of-Concept erfolgreich, wird die künftige Diagnostik stark davon profitieren können.

Short description
(English)
The virus disease epidemic caused by the Tomato Brown Rugose Fruit Virus (ToBRFV) is a serious threat for Swiss tomato and pepper growers. Despite being classified as a “potential quarantine organism” since early 2020, this RNA virus was identified in Switzerland in 2021 on imported plants. Multiple interceptions on imported seedlings already occurred in 2022. Swiss tomato growers are now requesting for an intensification of ToBRFV diagnostics during the planting season to minimize the risk. With an ever-increasing number of samples, the sample-to-answer time must remain as low as possible.
The ToViPoRe project aims at two detection strategies: 1) the development of a fast, cheap and specific YES/NO LAMP assay to ease the diagnostics of ToBRFV and 2) the combination of nucleic acid isothermal amplification with high-throughput sequencing using nanopores to provide an even more accurate diagnostic tool for ToBRFV as well as other tobamoviruses species in many samples simultaneously. The need for a reliable mass testing diagnostic tool for ToBRFV and other related tobamoviruses is evi-dent. To this end, the applicants work closely with various stakeholders from research, industry (VSGP) and enforcement.
This project aims at breaking new technological ground in plant pathogen and pest diagnostics. Future diagnostics will benefit greatly from this project which constitutes a proof of concept.