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Research unit
FSVO
Project number
1.20.02
Project title
Rapid identification and epidemiological analysis of OIE-notifiable viral animal diseases.

Texts for this project

 GermanFrenchItalianEnglish
Key words
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Short description
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Project aims
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Abstract
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Publications / Results
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URL-addresses
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CategoryText
Key words
(German)

Bekämpfung von Tierkrankheiten, Aviäre Influenzavirus (AIV), Blauzungenvirus (BTV), Afrikanische Schweinepestvirus (ASF), Nanoporensequenzierung, Früherkennung und Überwachung.

Key words
(English)

Animal disease control, avian influenza virus (AIV), bluetongue virus (BTV), African swine fever (ASF), Oxford Nanopore sequencing, early detection and monitoring.

Short description
(German)

Ausbrüche von OIE-meldepflichtigen Tierkrankheiten, die durch das Aviäre Influenzavirus (AIV), das Blauzungenvirus (BTV) oder das Afrikanische Schweinepestvirus (ASFV) verursacht werden, können erhebliche sozioökonomische und wirtschaftliche Kosten auslösen [1–3]. Eine rasche Erfassung von Informationen zum Ursprung solcher Viruspathogene ist entscheidend für eine sofortige und angemessene Anordnung behördlicher Massnahmen zur Seuchenbekämpfung. Die aktuell vorhandene Infrastruktur in der Schweiz ist nicht in der Lage solche Informationen innerhalb weniger Tage bereitzustellen, was die Reaktionszeit negativ beeinflusst. Ziel dieses Projekts ist die Etablierung der hochmodernen Oxford Nanopore-Sequenziertechnologie in Verbindung mit einer leistungsfähigen, auf Bioinformatik basierenden Plattform zur Datenanalyse, die mittels benutzerfreundlichem Modul visualisiert werden kann [4,5]. Dies wird wesentlich zur schnelleren Identifizierung und zum besseren epidemiologischen Verständnis dieser Viren beitragen und die Reaktionszeit auf einem Ausbruch verkürzen.

Short description
(English)

Outbreaks caused by OIE-notifiable animal diseases, such as avian influenza virus (AIV), bluetongue virus (BTV) and African Swine Fever (ASF), can have severe socio-economic consequences [1–3]. This requires a prompt and adequate response by the governing body for effective animal disease control, which largely depends on the rapid acquirement of information regarding the identification and origin of such viral pathogens. The existing infrastructure within Switzerland is not equipped to provide such information within a matter of days and thereby might negatively influence the response time. The establishment of the state-of-the-art Oxford Nanopore sequencing technology in conjunction with a powerful bioinformatic-based data analytic pipeline that can be projected in a user-friendly visualization tool will considerably aid in the rapid identification and epidemiological understanding of important viral pathogens and will improve the outbreak response time [4,5].

Project aims
(English)

The purpose of this project is to establish a novel analysis pipeline that is based on the state-of-the-art Oxford Nanopore sequencing technology in conjunction with a powerful bioinformatic-based data analytic and user-friendly visualization tool [4,5]. The latter will aid in the rapid identification and epidemiological understanding of OIE-notifiable viral pathogens, such as avian influenza virus (AIV), bluetongue virus (BTV), and African Swine Fever (ASF), in order to improve the outbreak response time.

Abstract
(German)
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Abstract
(English)
Related documents
Publications / Results
(German)
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Publications / Results
(English)

Gultom, M.; Licheri, M.; Laloli, L.; Wider, M.; Strässle, M.; Steiner, S.; Kratzel, A.; Thao, T.; Stalder, H.; Portmann, J.; Holwerda, H.; V’kovski, P.; Ebert, N.; Stokar-Regenscheit, N.; Gurtner, C.; Zanolari, P.; Posthaus, H.; Schuller, S.; Vicente-Santos, A.; Moreira-Soto, A.; Corrales-Aguilar, E.; Ruggli, N.; Tekes, G.; von Messling, V.; Sawatsky, B.; Thiel, V.; and Dijkman, R.; et al 2021, Susceptibility of well-differentiated airway epithelial cell cultures from domestic and wildlife animals to SARS-CoV-2. Emerg Infect Dis. 2021;27(7):1811-1820.

Licheri, M.; Mehinagic, K.; Wider, M.; Ruggli, N.; Dijkman, R.; et al 2021 Establishment of a selective whole genome amplification protocol for large complex DNA viruses. Meeting of Master- and Doctoral Students in Virology, Mu¨nchenwiler 28th - 29th October 2021

URL-addresses
(German)