Les centres nationaux de référence, respectivement les laboratoires de confirmation, désignés par l’OFSP ont le mandat d’assurer la surveillance épidémiologique de maladies transmissibles choisies et de déceler des flambées. Pour ce faire, des échantillons seront analysés en comparaison avec des échantillons ou méthodes de référence, pour vérifier les résultats ou caractériser les types, variantes ou résistances des agents pathogènes. Lors d’un diagnostic de confirmation, il s’agit de confirmer un diagnostic primaire flou ou provisoire. Les laboratoires de confirmation sont également importants lors de la phase initiale d’une nouvelle maladie émergente, lorsqu’aucune méthode diagnostique validée n’est établie ou lorsque les capacités diagnostiques existantes ne suffisent pas.
Le CRIVE est le Centre national de Référence pour Infections Virales Emergentes. Il couvre les virus suivants : Ebola, Marburg, Lassa, Crimée-Congo, Variole, Dengue, Hantavirus, Nil Occidental, Chikungunya, Coronavirus (SARS et MERS), vallée du Rift, Fièvre Jaune, Encéphalite japonaise, Entérovirus 71, Zika et Influenza HxNy (en collaboration avec le Centre National de Référence pour Influenza – CNRI). Dès 2018, le nouveau Centre national de Référence pour la Rougeole et la Rubéole (CNRRR) sera également affilié au CRIVE.