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Unité de recherche
AGS
Numéro de projet
14.15.1.1
Titre du projet
Epidémiologie et étiologie des maladies fongiques pour le développement de diagnostics, modélisation, stratégies de lutte, résistance, aide à la sélection et métabolomique. Assainissement, conservation in vitro et identification moléculaire des ressources phytogénétiques.
Titre du projet anglais
Epidemiology and etiology of fungal diseases to develop diagnosis, decision support system, control strategies, resistance, breeding tools and metabolomic. Sanitation, in vitro preservation and molecular characterization of phytogenetic ressources.

Textes relatifs à ce projet

 AllemandFrançaisItalienAnglais
Mots-clé
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Description succincte
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Objectifs du projet
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Connaissances nouvelles/Littérature
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Destinataires/Diffusion des résultats
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Textes saisis


CatégorieTexte
Mots-clé
(Anglais)
fungal disease, decision support system, metabolomic, control strategy, fungicide, resistance, diagnostic, alexin, phylogeny, micropropagation, conservatory, in vitro, microsatellites.
Description succincte
(Français)
Les maladies fongiques en lien avec les changements climatiques et les pratiques agronomiques sont des problèmes récurrents contre lesquelles de nouvelles solutions doivent être trouvées. La recherche en grandes culture et en viticulture s’oriente vers la découverte de produits d’origine naturelle pour lutter contre les maladies fongiques et le développement de produits antifongiques naturels pour une agriculture durable, l’identification des champignons pathogènes et leur suivi épidémiologique, l’entretien de la base de données et de la collection mycologique (www.bcis.mycoscope.ch), la résistance variétale et le développement  de modèles de prévision des risques disponibles sur Internet (www.agrometeo.ch). La mycologie a su innover en transférant son know-how dans le monde de la pathologie clinique, offrant ainsi une plateforme de compétence à l’interface du monde agricole et de la médecine tant en microscopie, biochimie, qu’au niveau analytique et moléculaire en recevant des financements externes. La biotechnologie végétale répond aux projets PAN (plan d’action national pour la conservation et l'utilisation durable des ressources génétiques) par le développement  des méthodes de cultures in vitro, l’entretien du conservatoire national de pommes de terre, l’identification moléculaire des variétés ainsi que l’assainissement des variétés virosées.
Objectifs du projet
(Français)
Diagnostics et renseignements
1. Répondre aux demandes de renseignements en présentant des solutions aux problèmes agronomiques posés en assurant un suivi et une traçabilité des données.
2. Répertorier les nouveaux morphotypes et les implémenter dans la base de données Mycoscope.
3. Tester des techniques de stockage innovantes afin de minimiser l’espace requis, les travaux de repiquage et d’assurer une stabilité optimale des souches en collection.

Epidémiologie et étiologie
4. Etudier l'épidémiologie, l'étiologie et la biologie des principales maladies fongiques, dont l’épidémiologie de la tavelure du pommier, du Phoma du tournesol, de la sclérotiniose du colza et de la ramulariose de l'orge et du blé (intégration modèle dans Agrométéo).
5. Etudier les communautés fongiques des différents organes de la vigne.
6. Poursuite du suivi des maladies foliaires des céréales au champ. Initiation d’une recherche sur l’épidémiologie de la galle argentée et de la dartrose de la pomme-de-terre et sur l’émergence de la sclérotiniose de la pomme-de-terre.

Prévision des risques
7. Prévision des risques (Agrometeo) pour la réduction du nombre de traitements fongicides en viticulture: adaptation du nombre de traitements au risque d'infection et à l'épidémiologie du mildiou en intégrant des stratégies liées aux nouveaux cépages résistants issus des programmes de sélection d’IPV, de l'oïdium et du black-rot.
8. Développement du contenu du site www.agrometeo.ch en particulier par la participation d’observateurs autorisés.
9. Adaptation du seuil d'intervention et élaboration d'un système d'alerte pour Phoma mcdonaldii sur tournesol. Evaluation du système d’alerte Presep (France) pour identifier les possibilités d’adaptation aux conditions suisses. 

Fongicides : stratégies de lutte, techniques d’application et résistance
10. Essais de lutte sur le terrain dans différentes modalités culturales pour connaître les nouvelles matières actives (homologation), vérifier les prévisions des risques (Agrometeo), l'adaptation des dosages à la surface foliaire et les seuils d'intervention (céréales).
11. Suivi de la résistance d’Erysiphe necator et de Podosphaera leucotricha aux fongicides et élaboration de nouvelles recommandations de lutte. Veille littéraire pour la résistance des pathogènes aux fongicides et conduite de tests de sensibilité en cas de perte d’efficacité au champs..
12. Amélioration des techniques d'application pour la lutte contre la pourriture grise sur grappe.

Sensibilité variétale et aide à la sélection
13. Etudes des processus d'infection des principales maladies fongiques de la vigne, de la fusariose des épis de maïs ainsi que de la ramulariose sur orge et blé. Application des outils développés pour l'aide à la sélection et l'étude variétale.
14. Développement d’une méthodologie et évaluation de la sensibilité variétale du maïs-grain. Travaux de microscopie pour étude du processus infectieux et des mécanismes de résistance.
15. Utilisation des outils développés pour le criblage des semis de vigne issues du programme de sélection de cépages résistants aux maladies fongiques en flux expérimental avec le groupe 15.5.

Métabolomique 
16. Etudes métabolomiques des relations hôtes-pathogènes et des confrontations fongiques: identification de nouveaux métabolites bioactifs liés à la résistance, étude des mécanismes de résistance (intermédiaires réactionnels),  stimulateurs de défense de la vigne, phytoalexines, mycoalexines et effets biocides.
17. Identification de nouvelles molécules naturelles en tant qu’antifongiques, tant en mycologie médicale qu’agronomiques, ainsi que l’étude des modes d’action de ces molécules.
18. Développement de méthodes pour l’études des métabolites fongiques liées à divers genres de moisissures.

Conservatoire in vitro
19. Installation in vitro des ressources phytogénétiques et assainissement des espèces végétales cultivées atteintes de maladies.
20. Maintenir et fournir les têtes de clones pour la production nationale de pommes de terre. Produire selon demande et dans les délais des plantes conformes et de qualité agronomique exceptionnelle.
21. Conserver des collections de plantes cultivées à forte valeur ajoutée (molécules bioactives dans la santé humaine et dans l’agroalimentaire, plantes rares) ainsi que les plantes liées au programmes d’action national (PAN).

Identification variétale
22. Développer des sets de marqueurs moléculaires de type microsatellites permettant l’identification des principales plantes du conservatoire in vitro.
23. Utilisation de ces sets de marqueurs pour l’identification de plantes cultivées in naturae selon demande.
24. Confirmer l'identité génétique des plantes multipliées en assurant la traçabilité durant la chaîne de production en cas de litige. Vérifier l’identité des géniteurs dans le cadre de croisements.
Connaissances nouvelles/Littérature
(Français)

Alonso-Villaverde V., Voinesco F., Viret O., Spring JL. and Gindro K. 2012. The effectiveness of stilbenes in resistant Vitaceae: ultrastructural and biochemical events during Plasmopara viticola infection process. PPB 49 ,265-274

Droz E., Ulliel S., Julmi-Moreillon C., Dorsat S., De Joffrey J.-P., Thomas D. Lê C.L. et Gindro K. 2012. Des variétés de plantes fichées par leur profil génétique. Recherche Agronomique Suisse 3 (11-12) : 552-555.

Dubuis P.-H., Viret O., Bloesch B., Fabre A.-L., Naef A., Bleyer G., Kassemeyer H.H., Krause R. 2012. Lutte contre le mildiou de la vigne avec le modèle VitiMeteo-Plasmopara. Revue suisse de viticulture arboriculture horticulture. 44, (3), 192-198.

Eddouzi J, Hofstetter V, Groenewald M, Manai M, Sanglard D. 2013. Characterization of a new clinical yeast species, Candida tunisiensis sp. nov., isolated from a strain collection from Tunisian hospitals. Journal of Clinical Microbiology 51(1): 31-9.

Gindro K., Alonso-Villaverde V, Voinesco F., Spring J.L., Viret O. et Dubuis PH 2012. Susceptibility to downy mildew in grape clusters: new microscopical and biochemical insights. PPB 52: 140-146.

Gindro K., Berger V., Godard S., Voinesco F., Schnee S., Viret O. et Alonso-Villaverde V. 2012. Protease inhibitors decrease the resistance of Vitaceae to Plasmopara viticola. PPB 60: 74-80.

Hofstetter V, Buyck B, Croll D, Viret O, Couloux A, Dubuis P-H, Gindro K. 2013. Communauté de champignons associés à l’esca: du plan greffé à la vigne adulte. Revue suisse Vitic. Arboric. Hortic. (in press).

Hofstetter V., Buyck B., Croll D., Viret O., Couloux A. et Gindro K. 2012. What if esca disease of grapevine were not a fungal disease? Fungal Diversity, DOI 10.1007/s13225-012-0171-z, published online and Fungal Diversity 54 (1): 51-67.

Marhadour S., Droz E., Laversin N., Méar A., Pavy V., Perramant M., Wambre V., Cloatre E., Ponserre N., Le Hingrat, Y., Potato variety identification using SSR in France and Switzerland, EAPR2011: The 18th Triennial Conference of the European Association for Potato Research. 2011  (poster)

Marti G., Zufferey V., Gindro K., Viret O. et Wolfender JL. 2012. A comprehensive metabolomic study of wine from the Vaud Switzerland vineyard. Planta Medica 78 (11): 1263.

Schumpp O., Bruderhöfer N., Monod M., Wolfender JL. et Gindro K. 2012. UV induction of antifungal activity in plants. Mycoses doi: 10.1111/j.1439-0507.2012.02192.x.

Schürch S. 2011. Poor fungicide control of Cercospora leaf spot on sugar beet in Switzerland: Sensitivity monitoring of C. beticola isolates. In: H. W. Dehne, H. B. Deising, U. Gisi, K. H. Kuck, P. E. Russel and H. Lyr (Eds.), Modern fungicides and antifungal compounds VI (pp. 295-296). DPG, Braunschweig, Germany.

Schürch S., Cordette T. 2013. Sensibilité initiale de la septoriose du blé aux fongicides SDHI (carboxamides). Recherche Agronomique Suisse, 4 (2): 82-87.

Verrier J., Pronina M., Peter C., Bontems O., Fratti M., Salamin K., Schürch S., Gindro K., Wolfender JL., Harsham K. et Monod M 2012.  Identification of infectious agents in onychomycoses by PCR-terminal restriction fragment length polymorphism. Journal Of Clinical Microbiology 50(3):553-61.

Viret O., Dubuis P.-H., Bloesch B., Fabre A.-L., Dupuis D. 2010. Dosage des fongicides adapté à la surface foliaire en viticulture : efficacité de la lutte. Revue suisse de viticulture arboriculture horticulture. 42, (4), 226-233.
Destinataires/Diffusion des résultats
(Français)
OFAG, Offices phytosanitaires cantonaux, Agridea, OIV, Producteurs au niveau national et international, communauté scientifique nationale et internationale, Swisssem, DGA, CPC, Cantons romands, Swissgranum, Agroscope, Swisspatate, établissements multiplicateur, Médiplant, Pro Specie Rara, FIBL, Vitisuiss, Biosuisse.

Comptes rendus et activités de transfert de connaissances selon objectifs :
1 à 3 : Rapports d’analyse aux clients, implémentation base de données internet (mycoscope), mise à disposition des souches de la collection au niveau national et international (collaborations), publications technico-scientifiques.
4 à 7 : Rapports d’activité internes, publications (pratiques, scientifiques et technico-scientifiques), communiqués de presse grand public. Présentations et posters (scientifiques et vulgarisés). Projets COST, communiqués de presse.
8 à 13 : Implémentations de nouveaux modèles de prévision et de seuils d’intervention disponibles librement sur www.agrometeo, publications technico scientifiques et techniques, cours de formation aux praticiens, conférences, communiqués de presse.
14-16 : Etablissement de listes et de variétés analysées, diffusion de nouveaux cépages, publications (pratiques, scientifiques et technico-scientifiques), communiqués de presse grand public. Présentations et posters (scientifiques et vulgarisés).
17 à 19 : Projets financés par des tiers, Fonds nationaux, Publications (pratiques, scientifiques et technico-scientifiques), communiqués de presse grand public, émissions radio. Présentations et posters (scientifiques et vulgarisés).
20 à 25 : Rapports d’activité internes, implémentation des bases de données destinées à l’identification variétale, mise à jour des projets sur internet. Rapports ponctuels aux clients selon demandes.  Rapports annuels à l’OFAG (PAN). Publications (pratiques, scientifiques et technico-scientifiques), communiqués de presse grand public. Présentations et posters (scientifiques et vulgarisés).