Schlüsselwörter
(Deutsch)
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Feuerbrand, Erwinia amylovora, Pflanzenschutzmassnahmen, Erregernachweis, Epidemiologie
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Schlüsselwörter
(Englisch)
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Fire blight, Erwinia amylovora, phytosanitary measures, pathogen detection, epidemiology
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Schlüsselwörter
(Französisch)
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feu bactérien, Erwinia amylovora, mesures phytosanitaires, détection des pathogènes, épidémiologie
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Kurzbeschreibung
(Deutsch)
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Im vorliegenden Projekt ist vorgesehen, im Rahmen des europäischen Forschungskonsortiums „Phytosanitary diagnostic, on-site detection and epidemiology tools for Erwinia amylovora (PHYTFIRE)" Methoden zur potenziellen Rtickverfolgbarkeit einer lokalen oder regionalen Feuerbrand-Infektion zu entwickeln. Mit dem so genannten „source tracking" sollen individuelle Isolate identifiziert werden können.
In einer ersten Phase ist vorgesehen, bestehende Daten zu verwenden und neue Isolate zu erheben. In einer zweiten Phase sollen diese Ergebnisse im europäischen Vergleich validiert und mit einem entsprechenden Schnelltest umgesetzt werden. Die Schweizer Beteiligung fungiert gleichzeitig als Koordinatorin des Konsortiums.
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Kurzbeschreibung
(Englisch)
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Fire blight, caused by the quarantine bacterium Erwinia amylovora, is the major bacterial disease threat to apple and pear production. The cornerstone of effective control strategies is effective implementation of phytosanitary measures to prevent pathogen introduction, eradicate inoculum reservoirs and limit epidemic spread. This project will develop and apply molecular biological tools to fill fundamental research gaps in pathogen detection and epidemiology that would improve fire blight phytosanitary and control strategies. Methods for epidemiological monitoring of pathogen populations in flowers, vectors and asymptomatic infections, and for pathogen genotyping will be developed.
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Methoden
(Englisch)
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Recent genomics-based genotyping methods based on variable number of tandem repeats (VNTR) Dreo et al. 2011) and clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) (Rezzonico et al. 2011) will be further developed for source-tracking applications. Single nucleotide polymorphism (SNP) methods will be developed with deeper genomics analysis and additional pathogen strains re-sequenced as needed (Smits et al. 2010), and then adapted for source-tracking applications. Various approaches will be investigated to combine or ‘multiplex’ VNTR, CRISPR, and SNP genotyping.
The development Phase 1 will utilize existing collections and new field isolations and involve Phase 1 partners. Emphasis will be placed on intensive sampling of epidemic foci: (a) same host across a region, (b) proximal hosts and/or objects (e.g., nursery, orchard, garden adjacent or near each other).
The validation and application Phase 2 for a multiplex method will utilize collections/isolations from epidemic foci across Europe. Sampling campaigns (e.g., flower, vectors, asymptomatic material) at national, regional and local levels will be performed by participating Phase 2 partner. Training in-lab or via other means will be provided during Phase 2 to enable decentralized analysis of own isolate collections. Feedback will be obtained enabling methods optimization and additional training.
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Projektziele
(Englisch)
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Develop a high-resolution, high-throughput genotyping method for fingerprinting a majority, if not all isolates, within local/regional epidemic foci, here referred to as source tracking.
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Publikationen / Ergebnisse
(Englisch)
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Zugehörige Dokumente
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