Subtyping of Campylobacter spp to the identification of foodborne sources and to the development of targeted control strategies

• Forschungsstelle: BLV
• Projektnummer: 1.02.15
• Projekttitel Englisch: Subtyping of Campylobacter spp to the identification of foodborne sources and to the development of targeted control strategies

Schlüsselwörter (Französisch)

Campylobacter spp- Campylobacter jejuni- Campylobacter coli- Antibiotic Resistance- Typing Methods

Kurzbeschreibung (Französisch)

Problemstellung
Campylobacter spp est l'une des causes les plus importantes de zoonoses à l'heure actuelle en Suisse mais aussi dans tout l'hémisphère Nord. L'épidémiologie de cet organisme est très peu connue malgré de nombreuses études qui se sont faites dans différents pays (Danemark, Suède, Hollande). De plus, un accroissement de la résistance aux antibiotiques lié à cet organisme a été observée ces dernières années (USA, Danemark) représentant de ce fait un danger au niveau de la santé publique. La plupart des études se sont concentrées sur la situation chez la volaille où cet organisme se retrouve très fréquemment, mais pratiquement aucune étude n'a pris en compte les animaux domestiques en général, l'homme et son environnement dans des études épidémiologiques complètes. En Suisse, l'épidémiologie des campylobactérioses n'a été jusqu'à maintenant que très peu étudiée; ces dernières années quelques projets en Suisse se sont penchés sur ce thème: concernant la résistance aux fluoroquinolones: dissertation de S. Weber (1999), concernant l'épidémiologie de Campylobacter spp dans les élevages de volaille (A. Philipson, 1996; B. Choisat, 1997). Actuellement 3 projets de l'OVF étudient différents aspects liés à Campylobacter spp: le projet du National Fond ("Development of an optimal strategy for monitoring antimicrobial resistance in bacteria from food animals of Switzerland," basé sur l'exemple de Campylobacter spp), le projet Zoopork: étude de la prévalence de différents microorganismes causes de zoonoses dans la production de viande de porc, de l'"étable à la table", avec entre autres Campylobacter spp comme organisme pathogène étudié; le troisième projet "Documentation of the occurence of Campylobacter spp along the production chain and assessment of the zoonotic potential" est une analyse des systèmes de contrôle déjà en place pour Campylobacter spp aux différents niveaux de la production, de l'abattage, des aliments d'origine animale, des animaux domestiques et familiers et de l'homme. Au cours de ces différentes études, de nombreuses souches de Campylobacter spp pourront être recueillies et stockées; leur profil de résistance aux antibiotiques sera de même disponible. Cette source incomparable de données doit pouvoir être exploitée au maximum; de ce fait, la création d'une banque de données en premier lieu de ces souches permettra d'avoir à disposition au niveau national des souches de diverses provenances (animales, humaines, environnementales) qui pourront être analysés plus en détails et mis à disposition pour d'autres projets. L'analyse de leur profil génotypique et pour cela le développement d'une méthode de génotypisation adéquate est nécessaire pour déterminer quelles seraient les sources possibles de contamination, quelles sont les spécificités liées à la résistance aux antibiotiques et ainsi de mettre en place une stratégie de contrôle dans les différents niveaux de production jusqu'à la consommation.

Projektziele (Französisch)

- mise en place d'une banque de données:
- des souches provenant des projets du National Fond et de Zoopork
- des souches de référence
- des souches provenant de différents laboratoires (ZH, BE ??)
- Développement d'une méthode de génotypisation pour Campylobacter spp provenant de différentes sources
- Comparaison des profils de résistance aux antibiotiques (projet NF) avec les profils génotypiques
- Comparaison de ces profils et de leur origine >> analyse épidémiologique permettant d'établir des stratégies de contrôle

Abstract (Englisch)

C. jejuni was the dominant Campylobacter species and could be detected in every source. C. coli was the most frequent species in pigs, and was less frequent in humans, poultry, pets and zoo animals. C. upsaliensis was mainly found in pets, and rarely in humans and zoo animals. A few C. lari were found in humans, pets, cattle, as C. concisus in pets, and C. hyointestinalis in cattle. AFLP was found to be the most appropriate genotyping method to distinguish between specific strains, whereas RFLP is suitable for the analysis of a large amount of strains. Genotyping methods revealed a weak clonality between Campylobacter of the same species.

Resistance to ampicillin, amoxicillin, ciprofloxacin, tetracycline, streptomycin and sulfonamides were found in Campylobacter isolates from poultry. In C. coli isolates from pigs, resistance to ciprofloxacin and erythromycin was explained by the presence of a point mutation in the gyrA and 23S rRNA genes, respectively. There was no correlation between Campylobacter genotype and antibiotic resistance.

This study reflects the current Campylobacter population in Switzerland and allowed to create a database. Further surveillance of Campylobacter including antibiotic resistance is necessary to prevent outbreaks caused by multidrug resistant strains.

Zugehörige Dokumente

• 1.02.15 Datenblatt MJB 2007 Perreten.pdf [PDF] 18 kB

Weiteres Vorgehen (Deutsch)

Projekt wurde unter abgeschlossenen Projekte im MJB 2007 inkl. Datenblatt publiziert.

Das Papierdossier war verjährt (Aufbewahrungsdauer 10 Jahre) und wurde entsorgt. 28.11.2017/Meret Schwarz

Publikationen / Ergebnisse (Englisch)

Wittwer, M.; J. Keller.; T.M. Wassenaar.; Stephan, R.; Howald, D.; Regula, G.; Bissig-Choisat, B. (2005) Genetic diversity and antibiotic resistance patterns in a Campylobacter population isolated from poultry farms in Switzerland. Applied and Environmental Microbiology 71:6, 2840-2847.

Keller, J.; Perreten, P. (2006) Genetic diversity in fluoroquinolone and macrolide-resistant Campylobacter coli from pigs. Vet Microbiol. 113: 1-2, 103-108.

Keller J.; Wieland, B.; Wittwer, M.; Stephan, R.; Perreten. V. (2007) Distribution and genetic variability among Campylobacter spp. isolates from different animal species and humans. Zoonoses and Public Health 54: 1, 2-7.

Keller, J. (2006) Subtyping of Campylobacter spp. and determination of the antibiotic resistance mechanisms to the identification of foodborne sources and to the development of targeted control strategies. Dissertation der Philosophisch-naturwissenschaftlichen Fakultät der Universität Bern.

Keller, J.; Perreten, V. Fluoroquinolones and macrolides resistant Campylobacter harbor a point mutation in the gyrA and 23S rRNA genes, respectively. 64th SSM Meeting, Geneva, 31 March – 1st April, 2005.

Keller, J.; Perreten, V. Epidemiological and molecular characterization of ciprofloxacin and erythromycin resistant Campylobacter coli from pigs in Switzerland. Agriculture’s Role in Managing Antimicrobial Resistance Conference. The Road to Prudent Use. Toronto, Ontario, Canada, 23-26 October, 2005.

Keller, J.; Wittwer, M.; Wieland, B.; Stephan, R.; Perreten, V. Bioinformatics and data bases as a tool for processing epidemiological data from campylobacter. 65th SSM Meeting, Lausanne, 7 – 8 March 2006.

Zugehörige Dokumente

• Datenblatt [PDF] 11 kB