Dans le contexte actuel d’efforts internationaux pour éliminer la rougeole d’Europe et d’autres régions, l’épidémiologie moléculaire revêt une importance croissante. L’élimination étant définie comme l’interruption de la circulation endémique du virus de la rougeole (ce qui n’exclut pas la présence sporadique de cas importés ou de courtes chaînes de transmission liées à des importations), il est nécessaire de connaître si les virus observés en Suisse sont endémiques ou importés (identification de la source). La mise en évidence du virus par RT-PCR, puis son séquençage et son génotypage, avec comparaison avec la distribution mondiale des différents génotypes, y contribue. Le génotypage participe également à la connaissance des chaînes de transmission de la rougeole, deux malades liés épidémiologiquement partageant les mêmes génotype et séquences virales.
L'OFSP propose à des médecins ayant déclaré une rougeole d'effectuer un prélèvement pour une RT-PCR. Les échantillons dans lesquels de l'ARN viral a été détecté, ainsi que certains autres échantillons prélevés en routine à fin diagnostique avec RT-PCR positive, sont ensuite envoyés pour séquençage et génotypage au RKI (Berlin), centre régional OMS de référence pour la rougeole et la rubéole. Le présent contrat renouvelle pour une année la prise en charge du coût des RT-PCR dans un laboratoire sous contrat et de l'envoi des échantillons à Berlin (les prestations du laboratoire régional OMS de référence sont gratuites).
