Dans le contexte actuel d’efforts internationaux pour éliminer la rougeole d’Europe et d’autres régions, l’épidémiologie moléculaire revêt une importance croissante. L’élimination étant définie comme l’interruption de la circulation endémique du virus de la rougeole (ce qui n’exclut pas la présence sporadique de cas importés ou de courtes chaînes de transmission liées à des importations), il est nécessaire de connaître si les virus observés en Suisse sont endémiques ou importés (identification de la source). La mise en évidence du virus par RT-PCR, puis son séquençage et son génotypage, avec comparaison avec la distribution mondiale des différents génotypes, y contribue. Le génotypage participe également à la connaissance des chaînes de transmission de la rougeole, deux malades liés épidémiologiquement partageant les mêmes génotype et séquences virales.
A la demande de l'OFSP et payé dans le cadre du présent contrat, des médecins ayant déclaré un cas de rougeole envoient au laboratoire contractant un frottis de gorge à fin de confirmation par RT-PCR, puis séquençage du génome viral et génotypage.
