Nach einer ersten Initiative in den 90iger Jahren entschlossen sich 2004 der Verband CH-Sportpferde und 2006 der Freibergerzuchtverband, für Daten der linearen Beschreibung und der Leistungsprüfungen eine Zuchtwertschätzung einzuführen. Die Arbeitsgruppe „Pferdegenetik“, bestehend aus den obgenannten Autoren, wurde mit der Durchführung beauftragt. Basierend auf Angaben von 6837 bzw. 7877 Pferden zwischen 1994-2004 geboren, wurden in beiden Populationen mit REML für 24 Merkmale der linearen Beschreibung, Stockmass und Exterieurnoten für Typ, Körperbau und Gänge Varianzkomponenten geschätzt. Daraus resultierten Heritabilitäten sowie phänotypische und genetische Korrelationen. Integrierter Bestandteil der Analyse bilden die Resultate für systematische, auf die Merkmale einwirkende Unweltfaktoren wie Geschlecht, Alter, Ort und Zeitpunkt der Merkmalserhebung. Rassenspezifisch ergaben sich Unterschiede, am deutlichsten bei den Schätzwerten der Heritabilität für das Stockmass: 0.46 beim CH-Sportpferd und 0.72 beim Freiberger. Für die Leistungsprüfungen wurden aufgrund unterschiedlicher Zuchtziele und Verwendungszwecke beim CH-Sportpferd vier Merkmale des Feldtests (Schritt, Trab, Galopp, Freispringen) und drei Merkmale der Promotion (4-, 5-, 6-jährig), beim Freiberger zwölf Merkmale des Feldtests (Fahren, Reiten) und der Anteil weisser Abzeichen ausgewählt. Die Varianzkomponentenschätzung basierte für CH-Sportpferde auf Daten von 8738 (Feldtest) und 7648 (Promotion), für Freiberger von 3346 (Feldtest) und 23'019 (weisse Abzeichen) Pferden.
Die Merkmale der Leistungsprüfungen unterscheiden sich in beiden Populationen aufgrund unterschiedlicher Zuchtziele und Verwendungszwecke. Beim CH-Sportpferd wurden vier Merkmale des Feldtests (Schritt, Trab, Galopp, Freispringen) und drei Merkmale der Promotion (4-, 5-, 6-jährig), beim Freiberger zwölf Merkmale des Feldtests (Fahren, Reiten) und der Anteil weisser Abzeichen ausgewertet. Für die CH-Sportpferde wurden die geschätzten Zuchtwerte zu drei Indices (Grundgangarten, Springen, Promotion) zusammengefasst. Beim Freiberger wurden die Zuchtwerte für die weissen Abzeichen an Kopf, Vorder- und Hinterhand zu einem Index zusammengefasst. Allen Auswertungen liegt ein Mehrmerkmals-Tiermodell zugrunde. Aus den durchschnittlichen geschätzten Zuchtwerten je Geburtsjahr lassen sich die genetischen Trends für die analysierten Merkmale in den beiden Populationen darstellen. Dies ermöglicht Aussagen zu Richtung und Wirkung der jeweils praktizierten Selektion.
