La FFSRT est une Fondation de droit privé, de durée indéterminée, dont le siège est situé à Genève. Elle est inscrite au Registre du Commerce de ce canton et est placée sous la surveillance de l'autorité compétente de la Confédération suisse.
Elle associe dans un cadre transfrontalier, trois régions françaises à savoir, Alsace, Franche-Comté et Rhône-Alpes et six cantons suisses : Fribourg, Genève, Jura, Neuchâtel, Valais et Vaud, ainsi que l'Université de Bâle.
Issue de la volonté conjointe de ces six cantons suisses et de ces trois régions françaises, soutenus par la Confédération suisse et la République française, la Fondation franco-suisse pour la Recherche et la Technologie a vu le jour le 22 septembre 2006 et est située à Plan-les-Ouates près de Genève.