GermOnline and MIMAS (Microarray Data Management and Analysis System) Basel

• Unité de recherche: ISB
• Numéro de projet: SIB 2004-8 MIMAS
• Titre du projet anglais: GermOnline and MIMAS (Microarray Data Management and Analysis System) Basel

Objectifs du projet (Français)

GermOnline - objectifs spécifiques

• Intégrer les résultats d'autres études déjà publiées sur la base de l'utilisation de puces à ADN
• Annoter des gènes importants pour la gamétogenèse dans les espèces représentées dans GermOnline
• Améliorer la fonctionnalité du formulaire de soumission.

Mesures les plus importantes

• Développer un module de soumission de données puces via internet
• Faire connaître GermOnline afin de motiver les membres de la communauté scientifique à participer à l'annotation de gènes
• Ajouter de nouvelles données puces et de l'information sur les fonctions des gènes.

AGD (Ashbyia Genome Database) objectifs spécifiques

• L'objectif est de construire un outil performant pour la communauté scientifique qui utilise la levure pour modèle mais aussi pour les chercheurs qui travaillent dans les domaines de la biologie des génomes et de l'évolution.

Mesures les plus importantes

• Développement d'une fonctionnalité BLAST (requête de similitude) et d'un outil permettant de visualiser la conservation de l'ordre des gènes dans les génomes d'Asbyia et de Saccharomyces (synteny viewer).

MIMAS (Microarray Data Management and Analysis System) objectifs spécifiques

• MIMAS doit devenir une source fiable et compréhensive de données puces afin d'optimiser l'analyse des études basées sur les puces et de faciliter la publication des résultats des mesures des expressions génomiques.

Mesures les plus importantes

• Parachever le module de téléchargement des données
• Développer le module d'interrogation de MIMAS
• Commencer à entrer dans la base de données les expériences réalisées depuis le début de l'année 2002 à Bâle et dans les autres institutions de recherche suisses.
  

Résumé des résultats (Abstract) (Anglais)

GermOnline

We have decided to radically change the architecture of GermOnline in order to increase its impact and user-friendliness. First, we migrated the database into the Ensembl genome browser to include DNA sequence information and basic gene annotation. Second, we integrated the Microarray Information Management and Annotation System MIMAS to provide users with extensive information on the microarray expression data that are displayed in the report pages. Third, we established MediaWiki as the new community annotation module. An update paper reporting this new development was published in the database issue of Nucleic Acids Resarch.

AGD (Ashbyia Genome Database)

We have updated AGD using the latest release of the Ensembl browser. To increase AGDs impact three genomes of related fungi (S. cerevisiae, S. pombe and N. crassa) were included. Importantly, AGD now also displays microarray expression data from S. cerevisiae that can be directly compared to similar data obtained with microarrays covering nearly all Ashbyia genes. A paper reporting the new release was published in BMC Genomics.

MIMAS (Microarray Data Management and Analysis System)

MIMAS was maintained and further developed to host not only classical expression data but also tiling array and ChIP-Chip data. A convenient export module was released that enables users to upload MIAME-compliant data directly to the EBI's ArrayExpress ( a certified public data repository). MIMAS is being used by the array platforms located at the Universities of Basel and Geneva; it is open for any platform located in Switzerland that is a member of the Swiss Array Consortium. A paper reporting the release of MIMAS as a free system was published in BMC.