Ces quelques lignes présentent un résumé du travail accompli par le groupe Swiss-Prot de l'ISB. En le lisant, il convient de tenir compte de la collaboration étroite entre le groupe Swiss-Prot et l'Institut Européen de Bioinformatique (EBI). La production et la distribution de la banque de données Swiss-Prot et de son supplément TrEMBL sont des tâches assumées conjointement par les deux groupes. Depuis 2003, dans le cadre du projet UniProt (Universal Protein Resource), celle collaboration s'est étendue au groupe PIR (Protein Information Resource) du centre médical de l'Université de Georgetown, Washington DC.
Swiss-Prot et TrEMBL sont les deux composants de la banque de connaissance UniProt, appelée UniProtKB. Celle-ci est la pièce centrale des différents éléments fournis par le consortium UniProt.
En 2005, nous avons décidé de changer le nom "Swiss-Prot" en "UniProtKB/Swiss-Prot dans toutes nos publications, pour représenter le fait que Swiss-Prot fait désormais partie intégrante d'UniProtKB. Cependant, comme ce rapport ne traite que des activités de Swiss-Prot et ne s'adresse pas à un grand public, nous avons gardé le nom "Swiss-Prot" pour ne pas alourdir le texte.
Les points forts de nos activités en 2006 peuvent être résumés comme suit :
- Nous avons ajouté et remis à jour un nombre record d'entrées. Nous avons atteint 250'000 entrées seulement en 13 mois après avoir atteint le chiffre de 200'000.
- Comme en 2004 et 2005, nous avons effectué de nombreux changements de format et de contenu pour améliorer la structure et le spectre des connaissances fournies par la banque de données.
- Nous avons ajouté de nouveaux liens vers 13 nouvelles bases de données externes. C'est la plus haute augmentation depuis la création de Swiss-Prot.
- Nous avons atteint 1 million de blocs commentaires (CC). Chaque entrée contient donc en moyenne 4 annotations textuelles, ce qui reflète la profondeur des annotations.
- La plupart des programmes d'annotation ont dépassé les objectifs qu'ils s'étaient fixés.
- Nous avons annoté à peu près 30'000 nouvelles protéines de bactéries et d'archées.
- Pour la première fois Swiss-Prot contient un protéome complet eucaryote : celui de la levure Saccharomyces cerevisiae.
- Le programme d'annotation des protéines virales a entièrement remis à jour l'annotation des rétrovirus humais (HIV et HTLVs).
- Nous avons démarré un nouveau programme d'annotation entièrement dédié à l'intégration des résultats des expériences de protéomique à haut débit dans Swiss-Prot.
- En juillet 2006, Swiss-Prot a fêté ses 20 ans d'existence au service de la communauté scientifique. Nous avons organisé un meeting de 5 jours (In-silico analysis of proteins: celebrating the 20th anniversary of Swiss-Prot) qui s'est tenu à Fortaleza au Brésil, juste avant le meeting annuel de l'ISMB. 300 scientifiques du monde entier y on participé dont 41 orateurs de renommée internationale.
- Nous avons publié "Tales from a small world", un livre qui réunit les 71 premiers articles de Protein Spotlights.
- Nous avons publié 8 articles scientifiques.
