Proteome Informatics

• Research unit: SIB
• Project number: SIB 2004-1 PIG

Project aims (French)

Objectifs spécifiques

• Poursuivre la collaboration avec l'Université de Genève en vue de l'extension de la base de données
• Etendre les capacités d'intégration de la base de données avec les outils logiciels de protéomique existants ou à venir
• Intégrer ou faciliter l'intégration de données provenant d'autres bases de données similaires ou d'autres types de données.

Mesures les plus importantes

• Poursuivre l'intégration avec le logiciel d'analyse d'images 2-DE Mélanie / ImageMaster^TM développé par le Groupe d'Informatique Protéomique
• Promouvoir la mise en place d'un réseau de bases de données d'électrophorèse bidimensionnelle interconnectacbles similaires à Swiss-2DPAGE par une intensification des collaborations internationales
• Poursuivre la participation active aux efforts de standardisation, et intégrer les recommandations au fur et à mesure de leur stabilisation
• Développer les outils permettant la mise à jour des données de façon interactive et contrôlée, en particulier d'une plate-forme supportant un modèle relationnel.
• Etudier et le cas échéant implanter la pertinence d'intégrer d'autres types de données (en particulier provenant d'autres méthodes de séparation des protéines, telles que la chromatographie liquide)
  

Abstract (French)

SWISS-2DPAGE

L'activité 2006 a surtout été orientée sur l'infrastructure informatique de la base de données. SWISS-2DPAGE bénéficie maintenant d'un format de Stockage et de gestion de type relationnel, renforçant la cohérence des données et améliorant l'automatisation des mises à jour des informations des bases de données distantes. De fait, il offre également, pour l'utilisateur final sur ExPASy, de nouvelles fonctionnalités, tant pour les requêtes que pour la visualisation.

L'outil Make2D-DB lui-même a été considérablement amélioré ce qui a conduit à la mise en ligne d'une nouvelle version. Cette version tient compte des contraintes internes, des commentaires des utilisateurs, et des développements des efforts de standardisation au niveau mondial.

Notre implication dans l'effort de standardisation en protéomique a continué. En 2006, nous avons co-organisé un workshop à Sienne (Italie) au printemps et organisé un autre workshop à Genève à l'automne. Ces workshops qui permettent des échanges entre les principaux acteurs du domaine de la protéomique, ont réuni une centaine de personnes (développeurs de logiciels et bases de données, vendeurs de spectromètres de masses, éditeurs de revues scientifiques, etc.) et ont permis d'avancer significativement dans la mise en forme des standards.