Insektenpathogene Pilze sind wichtige natürliche Regulatoren von Insektenpopulationen. Bei bodenbewohnenden Arten oder Entwicklungsstadien sind es in erster Linie Hyphomyceten. Für die Anwendung zur Schädlingsregulierung eignen sich besonders Beauveria brongniartii und Metarhizium anisopliae. Ersterer ist an der FAL als Mycoinsektizid entwickelt worden und ist zur Bekämpfung von Engerlingen des Maikäfers im Handel. Die Erfahrungen haben gezeigt, dass das Potenzial dieses Produktes noch nicht ausgeschöpft und Verbesserungen möglich sind.
Andere Bodenschädlinge, besonders Drahtwürmer, verursachen zunehmende Probleme, die möglicherweise mit dem Pilz Metarhizium anisopliae gelöst werden können. Seit Mai 2005 wird im Rahmen einer Doktorarbeit der Einsatz von M. anisopliae gegen den Maiswurzelbohrer Diabrotica virgifera virgifera geprüft.
Im Biolandbau treten zahlreiche Schädlinge an oberirdischen Pflanzenteilen auf, die zur Zeit nicht wirksam bekämpft werden können. Im Hopfenbau gilt es, Akarazide durch biologische Verfahren zu ersetzen. Blattläuse werden vorwiegend durch Pilze aus der Ordnung der Entomophthorales reguliert. Im Rahmen des Projektes werden Überwinterungsorte und Migrationswege untersucht mit dem Ziel, die natürliche Regulierung von Blattläusen zu verbessern.